当你成功登顶石英高原，成为新的冠军口袋妖怪火红的世界并未就此沉寂。旅程的下一章，通常被玩家们称为第三周目或深入探索阶段，其核心便是前往关都地区南方的七之岛。这个庞大的扩展剧情是游戏初始版本所没有的，它始于你通关后返回真新镇研究所。如果你的宝可梦图鉴登记数量达到一定规模（通常是60种），大木博士会为你将图鉴升级为全国图鉴，并指引你前往枯叶市的码头。在那里，你将乘坐船只开启全新的海洋冒险，这绝非简单的闲逛，而是一系列紧密相连的揭秘与征服之旅。
七岛剧情的触发与推进本身就是一个连贯的隐藏篇章。抵达一之岛后，你需要与当地宝可梦研究所的助手对话，得知红宝石失窃的消息。接下来的任务便是前往灯火山，在山洞深处从火箭队残党手中夺回红宝石。这个过程并非单纯的战斗，还涉及与特定NPC的对话获取线索。将红宝石带回研究所后，你才能获得真正畅行七岛的船票，并得知蓝宝石也可能遭遇危险的讯息，从而引向四之岛及更远岛屿的后续任务。这一连串事件构成了一个完整的后传故事，将火箭队的阴谋与古代宝可梦的奥秘联系在了一起。
分布着众多需要特定技能和解谜才能触及的隐藏区域。例如在四之岛，你需要进入一个布满冰面的洞穴，通过巧妙滑动抵达深处，不仅会遇到新的训练师，更能从一位自称冰之天王的训练家那里获得至关重要的秘密口令。而在五之岛，则存在一个名为不归洞穴的复杂迷宫，其内部岔路繁多，需要玩家耐心探索。成功穿越后，你可以从一位老人那里获得一枚能孵化出波克比的珍贵蛋。这些地点往往不在主路径上，要求玩家对冲浪、怪力、攀瀑等秘传技能运用娴熟，并具备解决环境谜题的观察力。
更深的秘密隐藏在岛屿的历史遗迹与特殊设施中。在七宝溪谷尽头，有一系列被称为阿斯卡纳遗迹的石室。起初它们空空如也，但只要你进入附近的山洞阿斯卡纳的锁，运用怪力将洞内的巨石全部推入地板的凹坑中，遗迹里便会浮现出多种形态的未知图腾，等待你去捕获。七之岛上还矗立着一座训练师之塔，这里的挑战者队伍会根据你队伍中最高等级宝可梦动态调整强度，提供了极具弹性的后期对战考验。而六之岛南端的遗迹山谷则有一扇紧闭的石门，门上的古代文字提示需要特定的招式才能开启，门后藏着关乎蓝宝石去向的关键线索与强大野生宝可梦。
整个七岛探索的终极目标之一，指向了华蓝市附近的华蓝洞窟。这个洞穴的入口在一周目时被无法撼动的巨石阻挡，只有在完成七岛的主要剧情任务后，洞口才会悄然开启。洞窟内部地形极为复杂，遍布强力的野生宝可梦，是对玩家队伍实力的终极检验。在洞窟的最深处，等待着的是传说中的宝可梦超梦。捕获它不仅是完成全国图鉴的重要一步，也为这段贯穿海洋与大陆的隐藏冒险画上了一个充满力量的句点。这些遍布于岛屿与旧大陆的隐秘剧情，共同编织出了一张丰富而诱人的后期探索网络。
