迷失岛2的核心玩法建立在非线性叙事与多维度解谜的独特结合上，这与传统线性推进的解谜游戏形成鲜明对比。游戏通过开放地图设计，允许玩家自由探索岛屿的每个角落，谜题之间并非严格按顺序解锁，而是通过线索的网状关联推动进程。这种设计让玩家需要同时处理多个谜题的碎片信息，比如灯塔密码、时间机器零件、漂流瓶图案等线索可能分散在不同场景，必须通过跨区域观察和逻辑串联才能破解。游戏还引入了二周目机制，一周目通关后重置的谜题和新增剧情进一步打破了单次通关的线性体验，这种结构在同类游戏中较为罕见。
游戏的解谜逻辑强调环境叙事与细节观察，而非依赖道具堆砌或生硬提示。例如场景中的壁画、日记刻痕、NPC对话中的隐喻等，都需要玩家主动记录并分析其关联性。这种设计摒弃了传统解谜游戏找到钥匙开门的单一模式，转而构建更复杂的因果链——修复灯塔需先获取密码，而密码又藏在工厂的某个机械装置中，装置解法则与神庙壁画相关。谜题之间环环相扣却不显刻意，这种自然流畅的嵌套关系是玩法差异化的关键。
迷失岛2的时空穿梭机制为解谜提供了纵向深度。玩家通过改变时间线影响场景状态，比如过去未倒塌的桥梁能在现代提供新路径，这种动态环境交互超越了静态场景解谜的局限。时间旅行不仅是剧情元素，更直接融入玩法：某些谜题需在不同时间线分别完成部分步骤，最终在现代合成解决方案。这种时空耦合的设计让谜题具有更强的沉浸感和逻辑纵深感。
美术风格与玩法形成高度统一，手绘场景中隐藏的符号化元素本身就是解谜的一部分。游戏刻意采用非写实画风，将关键线索融入夸张的视觉元素中，如扭曲的钟表暗示时间密码，发光石块指向空间坐标。这种艺术表达使得观察力成为比道具收集更重要的解谜手段，而传统解谜游戏往往将线索与背景割裂处理。游戏还内置绘图板功能，允许玩家实时记录线索，这种设计进一步强化了观察-分析-验证的核心玩法循环。
迷失岛2通过哲学性叙事提升了解谜的思维层次。游戏中的外星文明、量子理论等科幻元素并非噱头，而是与谜题设计紧密绑定。比如神庙密室的几何图案对应高维空间概念，玩家需理解这种抽象逻辑才能破解机关。这种将科学猜想转化为可操作玩法的设计，使得解谜过程兼具知识性与趣味性，区别于大多数依赖套路的同类作品。游戏最终呈现出的，是一套融合开放探索、时空叙事、科学隐喻的复合玩法体系，这种多维度的创新使其在解谜游戏领域独树一帜。
